姓         名：徐小翠

学         位：博士

研究领域：生物信息学与表观遗传调控

E-mail：xiaocuixu@tongji.edu.cn

研究方向：

1. 干细胞与胚胎发育的表观调控机制

2. 多组学数据整合与算法开发

个人简介：

2007.9-2011.6      中国医科大学  生命科学与技术专业  学士

2011.9-2019.6      中国科学院  北京基因组研究所  博士

2019.9-2020.4      同济大学 生命科学与技术学院  助理研究员

2020.5-2023.2      同济大学 生命科学与技术学院  博士后

2023.3至今        同济大学 生命科学与技术学院  预聘副教授

徐小翠，女，遗传学博士，同济大学生命科学与技术学院预聘副教授。2011年本科毕业于中国医科大学生物科学与技术专业。2019年博士毕业于中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）。2019年至2022年先后在同济大学生命科学与技术学院从事专职科研以及博士后研究。自2023年3月起被聘为同济大学生命科学与技术学院副教授。

多年来一直从事胚胎发育和干细胞分化过程中的数据挖掘工作，开发生物信息学的算法，阐明细胞命运的表观调控，主要通过整合多组学高通量数据包括DNA甲基化、组蛋白修饰、RNA甲基化和转录组数据等，深入挖掘胚胎发育过程中细胞状态转变及命运决定的表观遗传学调控机制，相关研究成果发表在Nature Cell Biology、National Science Review、Protein Cell等权威学术期刊。未来的研究方向包括应用机器学习方法挖掘全基因组学数据，基于单细胞转录组学、空间转录组学数据和单细胞表观组学数据，系统研究发育分化过程中细胞的交互作用关系。以骨干身份参与科技部“国家重点研发计划”一项，主持国家自然科学基金“面上”和“青年”项目各一项。

代表性论文

(#共同一作)

1.Tao Chen#, Yiliang Xu#, Xiaocui Xu#, Jianzhang Wang#, Zhiruo Qiu, Yayuan Yu, Xiaohong Jiang, Wanqi Shao, Dandan Bai, Mingzhu Wang, Shuyan Mei, Tao Cheng, Li Wu*, Shaorong Gao*, Xuan Che*，Comprehensive transcriptional atlas of human adenomyosis deciphered by the integration of single-cell RNA-sequencing and spatial transcriptomics, Protein & Cell(2024).

2. You Wu#, Xiaocui Xu#, Meijie Qi#, Chuan Chen, Mengying Li, Rushuang Yan, Xiaochen Kou, Yanhong Zhao, Wenqiang Liu, Yanhe Li, Xuelian Liu, Meiling Zhang, Chengqi Yi, Hongbin Liu, Junhong Xiang, Hong Wang, Bin Shen*, Yawei Gao*, Shaorong Gao*, N6-methyladenosine regulates maternal RNA maintenance in oocytes and timely RNA decay during mouse maternal-to-zygotic transition, Nature Cell Biology  24, 917–927 (2022).

3. Lingyue Yang#, Xiaocui Xu#, Ruimin Xu, Chuan Chen, Xiaolei Zhang, Mo Chen, Xiaochen Kou, Yanhong Zhao, Hong Wang, Xiaoyu Liu*, Shaorong Gao*, Chong Li*，Aberrant nucleosome organization in mouse SCNT embryos revealed by ULI-MNase-seq，Stem Cell Reports，17(7):1730-1742（2022）. 

4. Kuisheng Liu#, Xiaocui Xu#, Dandan Bai#, Yanhe Li, Yalin Zhang, Yanping Jia, Mingyue Guo, Xiaoxiao Han, Yingdong Liu, Yifan Sheng, Xiaochen Kou, Yanhong Zhao, Jiqing Yin, Sheng Liu, Jiayu Chen, Hong Wang, Yixuan Wang*, Wenqiang Liu*, Shaorong Gao*，Bilineage embryo-like structure from EPS cells can produce live mice with tetraploid trophectoderm，Protein & Cell, pwac029（2022）. 

5. Xiaocui Xu#; Guoqiang Li#; Congru Li#; Jing Zhang#; Qiang Wang#; David K. Simmons; Xuepeng Che n; Naveen Wijesena; Wei Zhu; Zhanyang Wan; Zhenhua Wan; Bao Ju; Weimin Ci; Xuemei Lu; Daqi Yu; Qi an-fei Wang; Neelakanteswar Aluru; Paola Oliveri; Yong E. Zhang; Mark Q. Martindale; Jiang Liu* ; Evolutionary transition between invertebrates and vertebrates via methylation reprogramming in embryogenesis, National Science Review, 2019, 6(5): 993-1003.

6. Congru Li#; Yong Fan#; Guoqiang Li#; Xiaocui Xu#; Jialei Duan; Rong Li; Xiangjin Kang; Xin Ma; Xuepeng Chen; Yuwen Ke; Jie Yan; Ying Lian; Ping Liu; Yue Zhao; Hongcui Zhao; Yaoyong Chen; Yan g Yu*; Jiang Liu*; DNA methylation reprogramming of functional elements during mammalian embryonic development, Cell Discovery, 2018, 4(41).